Desa Mekar Jaya pada awalnya merupakan pemekaran dari Desa Kebon IX  Kecamatan Sungai Gelam Kabupaten Muaro Jambi pada tahun 2009. Hal ini terjadi  karena mengingat cakupan Desa Kebon IX yang terlalu luas dan padatnya jumlah penduduk serta untuk memudahkan Pemerintahan dan pelayanan masyarakat yang efektif dan efesien, kemudian diajukanlah usulan pemekaran desa kepada Pemerintah Kabupaten dengan mengusulkan nama “Desa Mekar Jaya” yang memiliki arti atau makna, “Mekar” berarti berkembang serta “Jaya” berarti  selalu berjaya, jadi dalam kesatuan makna dari nama tersebut adalah desa yang selalu mengikuti perkembangan zaman dan selalu berjaya sampai kapanpun dan berdasarkan Peraturan Daerah Muaro Jambi Nomor 02 Tahun 2009 tentang Pembentukan Desa Trimulya Jaya Dan Desa Mekar Jaya serta Surat Keputusan Bupati Muaro Jambi Nomor 368 Tahun 2009 tanggal 24 Agustus Tahun 2009 tentang pembentukan Desa Mekar Jaya, maka Desa Mekar Jaya resmi menjadi desa yang terletak di Kabupaten Muaro Jambi. Selama berdiri Desa Mekar Jaya sudah melalui banyak fase kepemimpinan diantaranya :

• Tahun 2009-2010 (Penjabat Sementara Bapak Sarwono dan Lukman sebagai Sekdes)
• Tahun 2010-2016 (Samsu Alam)
• Tahun 2018-2023 (Ambo Tuo, S. Ag)
• Tahun 2023-2029 (Samsu Alam)